修正后的频率响应不再与发射的LFM信号匹配，因此输出峰值和信噪比都会有一定减小。
从下图可以看出频域加窗对脉冲压缩结果的影响
时域加窗和频域加窗的区别
从下图可以对比发现时域加窗和频域加窗有一些共同的效果，也有一些不同的区别，例如旁瓣大小不同，旁瓣结构也有所不同等。其中蓝色是频域加窗后脉冲压缩后的结果，绿色是时域加窗后的结果。
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加窗对频率和幅值的影响
傅里叶变换后主要的特征有频率、幅值和相位，而加窗对相位的影响是线性的，所以一般不用考虑，下面主要讨论加窗对频率和幅值的影响。
加窗对频率和幅值的影响是关联的，对于时域的单个频率信号，加窗之后的频谱就是将窗谱的谱峰位置平移到信号的频率处，然后进行垂直缩放。说明加窗的影响取决于窗的功率谱，也就容易理解为什么总常看到对窗特征主瓣、旁瓣等的描述。
主瓣变宽就可能与附近的频率的谱相叠加，意味着更难找到叠加后功率谱中最大的频率点，即降低了频率分辨率，较难定位中心频率。旁瓣多意味着信号功率泄露多，主瓣被削弱了，即幅值精度降低了。
由于加窗计算中衰减了原始信号的部分能量，因此对于最后的结果还需要加上修正系数。
如何选择“窗函数”？
对于一次过程时间小于窗口的暂态信号或冲击波形，信号开始和结束处本身就是零，不存在截断引起的泄露，不需要加窗抑制，因此只需要用矩形窗即可。
在需要频率分辨率高时，使用旁瓣少的窗口，如汉宁窗，而矩形窗旁瓣太高，泄漏太大；在需要幅值准确时，还可以使用平顶窗。
对于连续的周期性波形，可以结合不同的窗口获得所关注的结果。
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