主条目：奥斯曼帝国
奥斯曼人结束1204年以来的分裂局面，希腊进入奥斯曼帝国统治的历史阶段，他们由驻索菲亚的欧洲领地总督直接管辖，1470年，被六个“旗”（Sanjak），旗之下再细分数个县。土耳其苏丹让希腊当地的名门望族，负责地方收税和维持治安的工作，也有担任中央政府重要要职，如教会由于土耳其苏丹不干涉基督徒信仰自由，信仰东正教的基督徒因此欢迎奥斯曼帝国的统治。土耳其人子孙擅长征战，却不善于管理，加上伊斯兰教禁止教徒说阿伯话语以外的语言，对外连系与沟通都需要通译，精通各种语言的希腊富商、税吏和高级文官，便有担任中央政府重要官职的机会，都有需要他们的地方。
有些希腊人不愿受到奥斯曼人的统治，兴起两股移民潮。首先是希腊知识分子阶层向西欧的移民，由此激发文艺复兴的到来。其次，一些希腊人离开平原，躲进层峦的群山中。由于希腊是个多山的国度，而奥斯曼人从未成功地在山区建立他们的军事或者行政存在，因而在这种意义上来说，奥斯曼人从来没有完全征服希腊。在希腊大陆和岛屿上存在有许多秘密社群，如克里特岛上的Sphakiots、伊庇鲁斯的Souliots以及伯罗奔尼撒的Mani都是奥斯曼统治时期山区活跃的秘密社群。自16世纪末直至17世纪，许多希腊人开始从山区搬回平原地区。帝国推行的宗教自治社区“米利特”（Millet）制度将各个地区分划给宗教族群自治，这间接促进东正教希腊人的民族凝聚力。希腊正教会作为民族-宗教社团，帮助全希腊各个地区（山区、平原、岛屿）的希腊人在艰难的奥斯曼统治下维系自己的种族、文化以及语言遗产。
奥斯曼统治下的希腊人不是承受异族统治的基督徒就是秘密基督徒（Crypto-Christians），他们表面上遵循伊斯兰教的教规，而秘密地实践希腊正教的信仰，以逃避苛重的捐税，而同时又不失去同希腊正教会的联系。然而那些真正皈依伊斯兰教的希腊人，即使他们保留自己的文化和语言，也被同族的正教希腊人视为土耳其人。
大约从17世纪末期开始，移居在君士坦丁堡的希腊人（俗称为“法那人”）就逐渐获得奥斯曼中央重用，在行政管理部门占据重要地位。法那人是奥斯曼帝国与欧洲各国交往中的翻译人和中间人，并在财政上为帝国出力以换取特权，譬如他们中的银行家通常为土耳其帕夏出钱买官，以此交换取得利润丰厚的包税合同；与此同时，法那人各家族的权势人物，也牢牢控制君士坦丁堡的东正教主教职权，并在18世纪中期，成功将其权限扩大到原本独立的塞尔维亚和保加利亚教会。更重要的是，1711年奥斯曼人把帝国在巴尔干半岛的谷仓地区——罗马尼亚诸省的统治权交给法那人，于是他们成为与帝国有共生关系的中间人与受益人，和仍居于希腊半岛的本土希腊人日渐隔阂与断裂。[参24]
1774年，奥斯曼帝国在第一次大败给俄国后（参见第五次俄土战争），依据两国签订的库楚克凯纳吉条约，奥斯曼开放黑海让俄国船只通航，并减免其关税。俄国因为缺乏黑海船只，所以慷慨地让同是东正教的希腊人和部分巴尔干人，享有船只悬挂俄国旗号的权利。于是，大量希腊商人趁机掌控俄国有利可图的粮食贸易，把大乌克兰地区生产的小麦，运送到粮价较高的南欧与西欧地区。这不但让希腊本地的希腊商人崛起，也从西欧媒介并传导18世纪的启蒙运动与独立理想。[参24]
总的来说，尽管少数希腊人（法那人）受到土耳其人重用，但是大多数本土的希腊人处于被征服和剥削的地位，他们仍然寻找机会，希望有朝一日推翻奥斯曼人的统治，因此有不少起义运动。拜占庭帝国灭亡后，威尼斯为了维护自己的利益，持续与奥斯曼土耳其对抗，试图保住原先的势力范围和殖民地，在往后两个半世纪，双方争战不断，直到1718年“帕萨罗维耶条约”，势力大减，不再扮演干涉希腊的角色。与俄罗斯（俄罗斯沙皇一直派间谍在奥斯曼帝国的欧洲部分四处活动，鼓动同为东正教的希腊人起义抗暴，另外1783年，俄国与奥斯曼土耳其政府签订商约，可让希腊人悬挂俄国国旗到处经商，希腊人在地中海积极发展商业，繁荣的商业更加促进希腊人团结一致的思潮）的干涉下也不无影响}。1789年，欧洲发生法国大革命，革命的口号“独立自由”响彻云霄，对希腊也产生回响，将法国著名革命歌曲“马赛曲”填上希腊文歌词，代表句为“起来吧，希腊同胞们”。康斯坦丁创立“赫克特”社会组织宣扬爱国思想，并且提供武器给希腊人，组织流亡维也纳的希腊人和同情希腊的人士，发起独立运动，在维也纳出版以通俗希腊语翻译的外国著作，另外还搜集民歌集结成册，这些民歌在希腊各地都激起爱国情操，从古典文化中整理出介于在古典与通俗语言之间的希腊文，使希腊从此有统一的书写文字，有助于民族国家的形成，民族意识水涨船高，加上奥斯曼帝国却逐渐贪污、腐化且衰落，使希腊人们燃起独立的希望，这些种种因素构成希腊独立运动的背景。