南京安全区内的450名中国警察被日军作为“败残兵”押往南京城西门外，他们将被集体屠杀 照片后方的日本士兵用手推车搬运从商店里抢到的赃物。照片前方是大约五十具被害中国军人和平民的尸体。1938年1月10日 Life 杂志，第50页。 1937年12月13日《東京日日新聞》報導：日軍少尉向井敏明和野田毅在进军南京途中相約進行「殺人競賽」，商定在佔領南京時先殺滿100人者為勝。从句容到汤山，两人分别杀了89人和77人；到南京紫金山下时，两人各称殺了106人和105人；但是不知道誰先殺滿100人，所以決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。向井和野田在战后被南京军事法庭判处死刑[63]。
屠杀
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参见：百人斬
日軍在佔領南京時，對城內外大規模「掃蕩」，搜查隱匿在城內之中國士兵，即所謂「便衣隊」；多數未來得及撤退之中國軍人被俘[42]:131。大屠殺中最兇殘的是谷壽夫中將的第6師團及中島今朝吾中將的第16師團[43]:66。
日军攻占南京时在战场上俘虏数万中国官兵，在日军高层的授意下，这些俘虏都被集体屠杀。因為日軍向來有寧死也不投降的玉碎傳統，對投降的戰俘抱有歧視，便採取「大體不保留俘虜的方針，故決定全部處理之」[64]:194。在搜捕「便衣兵」過程中，日軍根據人們頭上帽箍、肩上、手上之老繭作為判斷是否軍人之證據；但是很多平民也被抓走，即使躲在難民區之平民也不能幸免[42]:131。手法主要是集體槍殺和活埋，以機槍掃射百上萬人，間以步槍點射、刺刀捅戮，焚屍滅迹[43]:66。日軍將捕獲之中國軍民驅趕到長江邊和南京郊外集體屠殺；同時日軍還在南京大街小巷、住宅、寺廟、村莊等處隨意殺人[42]:131。在占领南京后的几个星期裏，日军毫无约束地在城内外游荡，随意杀害平民，被日军强奸、抢劫的受害人也往往被日军杀死灭口[65]。根據1946年中國南京審判日本戰犯軍事法庭調查，確認被日軍集體屠殺並被毁屍滅跡有19萬多人，被零散屠殺、屍體經過南京慈善團體掩埋達15萬多具[42]:131。據統計，被集體屠殺的達19萬人以上，加上零散屠殺，總計達30萬人以上[43]:66。在東京審判之判決書中曾記載：「在日本軍隊佔領的最初的6個星期裡，南京及其周圍被殺害的平民及俘虜就達20萬人以上。……這個數字不包括拋屍長江、挖坑掩埋和以其他方式處分的人們在內。」[42]:131
日军对解除了武裝的中国軍警人員以及他们認為是可能參加過抗日活動和適合兵役年齡的中國青壯年，進行過若干次大規模的集體屠殺。二战后，南京军事法庭查证日军在南京犯下的集体屠杀有28案，19万余人受害[14]。
从12日深夜到13日，败退下来的几万中国溃兵和逃难平民蜂拥至挹江门外的下关一带，试图渡江逃离南京。13日，日本陆军第6师团、第13师团、第16师团从三个方向进攻下关，日本海军也逆流而上抵达下关江面，数万中国溃兵和平民被合围在下关沿江的狭长地带。在这一天，即日军占领南京的第一天，日军就杀害大量溃兵、降兵、俘虏以及难民[66]。
日军报称，13日清晨，第6师团步兵第45连队从长江上游向下关进军，途中歼灭一支正在逃离的中国大部队。第16师团从南京城东扑向下关，其中步兵第30旅团的先头部队上午10点抵达下关，用坦克炮和重机枪射杀在岸边聚集和正逃往江上的“溃兵”，用光1万5千发子弹；第33联队前进途中歼灭一千几百名前往下关的“溃兵”；第16师团主力的先头部队在下午2点30分到达下关，在岸边用重机枪及高速炮向在江上漂流的溃兵猛烈射击两个小时，使2,000多人葬身江中。第13师团的山田支队从长江下游沿南岸进击，下午占领乌龙山炮台后通过燕子矶向幕府山炮台前进，途中在幕府山北面长江南岸（即草鞋峡）遭遇大量溃兵和避难民众，山田支队至14日清晨共俘虏14,777人。同一天，日本海军第11战队突破乌龙山封锁线，逆流而上向南京进发，向江上顺流漂浮的溃兵用舰炮、机枪和步枪连续射击。据上海派遣军参谋长饭沼守的日记记录：“海军参谋松田的报告说，13日，11战队大部到达南京下游，歼灭1万乘木筏退逃的敌军。”事实上，日军在江边射杀的“败敌”和“残败兵”中不仅包括中国军人，无疑也有许多想逃出南京的中国平民[66]。
除了在下关江岸和江面的“歼灭战”，日军13日还杀害大量未能前往下关的溃兵和难民。在城东，大批溃兵和难民从紫金山与幕府山之间向东逃亡时，撞上在这一带扫荡的中岛今朝吾第16师团。该师团步兵第30旅团旅团长佐佐木到一在日记中记述道：“这天遗弃在我支队作战区域内的敌军尸体超过一万几千具，此外，再加上装甲车在江上歼灭的，以及各部队的俘虏，我们支队共解决两万以上的敌军。”[66][67]
留在南京的美国人贝茨曾看到日本人贴出告示，劝说中国人做日军劳动队的义工，并谎称过去曾是中国士兵或者参加过劳动队的人，只要参加劳动队即可既往不咎。贝茨注意到有200个男人在南京大学接受了这个条件，他们被押走后当晚就被处决了。贝茨在远东国际军事法庭上作证时讲述了此事，并因此在法庭上指控日军背信弃义。[68]:169
1937年12月13日，《東京日日新聞》（即現在的《每日新聞》）報導兩名日本軍官的「殺人競賽」。日軍第16師團富山大隊副官野田毅、炮兵小隊長向井敏明[43]:69，在其長官鼓勵下，彼此相約「殺人競賽」，商定从上海到南京時，誰先殺滿100人為勝者。他們從上海殺到南京，向井敏明殺了89人，野田毅殺了78人，因皆未滿100，「競賽」繼續進行。12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田謂殺了105人，向井謂殺了106人。又因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。這些暴行都一直在報紙上圖文並茂連載，被稱為“皇軍的英雄”。《東京日日新聞》（即现在的《每日新闻》），连续刊登该报四名随军记者浅海、光本、安田、铃木分别从中国江苏省常州、丹阳、句容、南京等地发回的现场报道，详细报道了此二人在无锡横林镇、常州车站、丹阳奔牛镇、吕城镇、陵口镇、句容县城、南京紫金山等地刀劈百余人的经过。这些报道不仅仅时间、地点明确，杀人过程及数字清楚，而且同时还配发了照片。日本投降後，這兩個戰犯以在作戰期間，共同連續屠殺俘虜及非戰中人員“實為人類蟊賊，文明公敵”的罪名在南京进行审判并被執行槍決[63]。布拉德利·坎贝尔 (Bradley Campbell) 因为日军在成功且确定地占领南京后依旧对中国人进行单方面集体屠杀而将南京大屠杀描述为种族灭绝。[69]讓-路易·馬戈林則認爲南京大屠殺不應被視爲種族滅絕，因爲在數千頁的日記、信件、報告、電報、文章中，沒有系統性地試圖使南京人口消失的證據。[70]
强奸与性虐待
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日軍進入南京後到處搶劫、縱火，南京城南最繁華之商業區和人口密集之住宅區是受害最嚴重之地區，主要街道幾乎都成廢墟；而在搶劫、縱火同時，日軍還有組織或分散強暴婦女，甚至對在難民區避難之婦女也不放過，衝進那裡對婦女強姦[42]:131。在日軍占领南京之后一至两个月内，约有2万至8万名中国婦女遭到日军强奸。日军不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴。很多妇女被轮奸，有些婦女甚至會被日軍強姦數次，類似的事件往往導致有婦女受不住日軍的折磨而死。受害人如果试图保护她的亲属或是稍有反抗，往往就被日军杀死，母亲身边的孩子因为哭闹也经常被日军一并杀害。此外，日軍還强迫亂倫行為，不从就加以杀害。日军对妇女的大规模强奸和虐杀直到1938年2月才有所收敛[71][15][72]。德國人約翰·拉貝在1938年1月14日給上海理事會主任W.邁爾之信：「約兩萬名婦女和姑娘被強姦。」[42]:131從10來歲的幼女到70歲的老婦，無一幸免；不僅遭蹂躪，還受割乳、剖腹等凌辱[43]:66。
日本政府與軍方當時對日本國民新聞封鎖，但南京大屠殺之暴行遭到世界輿論譴責[42]:131。约翰·马吉牧师记录了一起典型的强奸灭门惨案。12月13日，30个日兵闯入夏淑琴一家与房东居住的门东新路口5号，他们先杀死房东夫妻和夏淑琴的父亲，摔死了夏淑琴母亲怀里的1岁婴儿，之后轮奸母亲和另一个房间裏16岁、14岁的两个姐姐，她的祖父母在试图保护孙女的时候被杀死。之后日兵杀死惨遭强奸的母女，并且在她们的阴道裏插进瓶子和木棍。当时7岁的夏淑琴和她4岁的妹妹被刺刀扎伤，她们因为昏死过去而幸存下来。最后，日兵杀死房东的两个孩子，4岁孩子被刺死，2岁孩子被用军刀劈开脑壳[73]。
留在南京的南京大学美国籍历史系教授贝茨在远东国际军事法庭作证，三个临近住家的女人被强奸，而且发生了五次，在士兵强奸时他正好碰上。而他的一个朋友目睹了一位妇女被17个日本士兵接连不断地强奸。在12月15日，仅在南京大学的一栋楼里就有30个女大学生被强奸。三天后18个女孩在校园里六处不同的地方被日军士兵强奸。此外在南京大学校园内惨遭强奸的受害者包含9岁的小姑娘以及76岁的老妇。大学校园里的其余女性都处于极度恐慌的状态。而当时的日本驻华大使馆就位于南京大学旁边[68]:169。
日军在南京期间对女性的奸淫恶行是在军官默认、纵容、鼓动下的集团性暴力。日军发现女性就加以奸淫的现象非常普遍，而日军军官通常不会将其作为违纪行为加以处理。不仅如此，日军军官还把放纵士兵强奸作为鼓舞士气的工具。为了让部下发泄在上海战场上几个月的苦战中积郁的不满情绪并且鼓动部下进攻南京，日军军官向士兵宣传只要攻入南京“就可以拥有漂亮的姑娘”、“杀人、放火、强盗、强奸都可以”。日军举行入城仪式后，数万日军闯入城内，一周之内就有8,000以上中国女性遭到奸淫。魏特琳在金陵女子文理学院设立的收容所是日本士兵搜索“花姑娘”的主要目标之一。日军占领南京十几天后，罪行累累的各部陆续离开，而留在南京执行“警备”的第16师团仍然在长期进行强奸作案。1938年1月下旬，天谷支队接替16师团之后，强奸案件进一步增加了[74]。
日军正挥刀斩杀中国平民
劫掠与纵火
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南京沦陷之后的六个星期之内，日军几乎侵入城内所有的建筑物。据统计，城内外23.8%的建筑被纵火焚毁，63.0%的建筑遭到劫掠，因各种原因遭到破坏的建筑合计88.5%，这些破坏绝大多数都是日军在占领南京后造成的。
日军占领南京初期，5万日本士兵从中国难民那里抢夺大量生活用品和食物。此后的几个星期，日军闯入市内的建筑大规模抢掠，有的时候他们在军官的组织下将住宅、商店、机关、仓库等建筑洗劫一空，再用军用车辆把赃物运走，即使各国使馆也未能完全幸免。在占领南京后的一两年内，日军、日本宪兵还强占大量中国人的店铺、住宅和建筑，有的直接由日军占用，有的则无偿交给来到南京的日本平民。除了日本军人，少数日本随军记者也加入到抢掠的行径当中。
留在南京的南京大学美国籍历史系教授贝茨曾亲眼看到一支日军后勤队，这群士兵的队伍长三分之二英里，满载高等的红木和黑木家具。他在远东国际军事法庭作证时还说，作為日本盟友挂着德國國旗的德国商社也被纵火。[68]:169
12月18日，日軍於南京故宮飛行場舉辦陸海軍合同慰靈仪式。从12月19日或20日开始，日军开始在市内纵火。日军在洗劫商店之后，经常将其付之一炬。市区南部从中华门到内桥、从太平路到新街口以及夫子庙一带是南京主要的商业区，几乎全被烧光，整个市区约三分之一的建筑物被焚毁[65]:140-147。
中国文化珍品也遭到大掠夺。据统计，南京市共损失古物26,584件，计商代青铜器、玉器等珍贵文物，字画7,720幅、书籍45,979册[75]。